بعد ذلك وفي عام 678هجريا وفي عهد الملك قلاوون الصالحي ، تم بناء القبة ، وكانت مربعة الشكل من الأسفل ومن فوق مثمنة وكانت مصنوعة من الخشب ، وكانت محيطة بالحجرة ، وفوق الخشب وضع ألواح من الرصاص ثبتت عليه بمسامير وغطت بأثواب من المشمع للمحافظة عليها من الأمطار والأتربة ، والعوامل الجوية ، وفي عهد الملك حسن بن محمد بن قلاوون تم تجديد القبة ، وترميمها ، وفي عام 765 هجريا أختلت ألواح الرصاص ، وتحركت من موضعها بفعل الهواء والأمطار ، فقام السلطان شعبان بن حسن بن محمد بتجددها وإصلاحها ، ثم مرة ثانية حدث بها خلل وتم إصلاحه في عهد السلطان قايتباي في عام 881 هجرية. في عام 886 هجريه في عهد السلطان قايتباي حدث حريق الحرم ، فأمر السلطان قايتباي بتجديد الحرم النبوي كامل وكان من بينه القبة الخشبية ، وقد تم تجديد القبة على أعمدة متينة تم تأسيسها على أرض الحرم النبوي. وبنيت بارتفاع 18 ذراع أي مايقرب (8.88 متر) ، وقد تمت زخرفتها بأحجار منحوتة من الحجارة السوداء ثم تم بناء قبة أخرى فوقها تحويها وتغطيها جيدا ، و غطت الحجارة بالجبس الذي أحضروه من مصر لأنه لم يكن معروفا في ذلك الوقت بالحجاز ، وفي الحريق الثاني للحرم لم يسقط شيء من الحريق على حجرة رسول الله وذلك لوجود القبة الأولى التي بناها السلطان قايتباي التي كانت تسمى بالقبة الصغرى(الداخلية) فقد كانت مانعه لذلك. ولكن لم تستمر كثيرا فبعد ما تم بناء القبة تشققت من أعلى ، ولم يعد الترميم يجدي في إصلاحها فأمر السلطان قايتباي بهدم أعالي القبة وبنائها بطريقة محكمة أكثر بالجبس الأبيض ، وانتهى البناء في عام 892هجرية. لماذا سميت بالقبة الخضراء أول من صبغ القبة باللون الأخضر هو السلطان عبد الحميد العثماني ، في عام 1253 هجرية أمر بصبغها ، وظلت تجدد بهذا اللون إلى وقتنا هذا كلما احتاجت لذلك ، وأطلق عليها أسم القبة الخضراء نسبة إلى لونها ، وكانت تعرف باللون الخشبي ثم باللون الأبيض ، ثم بالفيحاء ،ثم الزرقاء . فضائل المسجد النبوي للمسجد النبوي فضائل كثيرة عند المسلمين ، وقد ورد أحاديث نبوية كثيرة ، تبين فضل المسجد ومكانته عندهم 1- المسجد النبوي هو المسجد الذي أتي ذكره في الآية (108) من سورة التوبة قال الله تعالى (لَّمَسْجِدٌ أُسِّسَ عَلَى التَّقْوَىٰ مِنْ أَوَّلِ يَوْمٍ أَحَقُّ أَن تَقُومَ فِيهِ ۚ فِيهِ رِجَالٌ يُحِبُّونَ أَن يَتَطَهَّرُوا ۚ وَاللَّهُ يُحِبُّ الْمُطَّهِّرِينَ ) 2- الصلاة في المسجد النبوي تعدل 1000 صلاة في غيرة ، كما أوضح رسول الله في الحديث عَنْ أَبِي هُرَيْرَةَ ، أَنَّ رَسُولَ اللَّهِ ﷺ قَالَ: صَلَاةٌ فِي مَسْجِدِي هَذَا أَفْضَلُ مِنْ أَلْفِ صَلَاةٍ فِيمَا سِوَاهُ إِلَّا الْمَسْجِدَ الْحَرَامَ. 3 – أن المسجد النبوي هوأحد المساجد الثلاثة التي لا يجوز شدّ الرحال إلا إليها (عن أبي سعيد الخدري ، عن النبي محمد قال( لا تُشَدُّ الرحالُ إلا إلى ثلاثةِ مساجدَ : مسجدِ الحرامِ ، ومسجدِ الأقصَى ، ومسجدي هذا) 4- وقد روي عن رسول الله أنه من صلى أربعين يوما في المسجد النبوي كتبت له النجاة من النار (عَنْأَنَسِ بْنِ مَالِكٍ عَنْ النَّبِيِّ صَلَّى اللَّهُ عَلَيْهِ وَسَلَّمَ أَنَّهُ قَالَ : ( مَنْ صَلَّى فِي مَسْجِدِي أَرْبَعِينَ صَلاةً لا يَفُوتُهُ صَلاةٌ كُتِبَتْ لَهُ بَرَاءَةٌ مِنْ النَّارِ ، وَنَجَاةٌ مِنْ الْعَذَابِ ، وَبَرِئَ مِنْ النِّفَاقِ ) . وهو حديث ضعيف