هي مجموعة أمراض تحدث نتيجة فشل الجهاز المناعي لجسم الكائن الحي بالتعرف على الأعضاء والأجزاء الداخلية الخاصة به، حيت لا يستطيع معرفة البصمة الوراثية الخاصة بخلايا الجسم فيتعامل معها كأنها غريبة عنه ويبدأ بمهاجمتها باستخدام خلايا المناعة والأجسام المناعية.

وهذا يسبب أضرار شديدة بالجسم قد تتركز في مكان واحد أو عضو واحد مثل التهاب الغدة الدرقية الناجم عن المناعة الذاتية أو قد تهاجم مجموعة من الأعضاء، فيسبب مرض أو مجموعة من الأمراض؛ فقد تصيب نسيج معين في أماكن مختلفة (مثل: متلازمة غودباستشر التي تؤثر على الغشاء القاعدي في كل من الرئتين و الكلى) و إذا هاجم جهاز المناعة الجهاز العصبي مثلاً، فإنه يهاجم جزءاً معيناً من جدار الأعصاب، مسبباً حالة تسمى التصلب المتعدد (بالإنجليزية:multiple sclerosis)، وهي تؤدي إلى حدوث شلل بالجسم كله. وفي حالة مهاجمة الجهاز المناعي لمكان اتصال الأعصاب بالعضلات (بالإنجليزية:neuromuscular junctions). يحدث ضعف وارتخاء شديد بالعضلات، يسمى وهن العضلات الوخيم (بالإنجليزية:myasthenia gravis). وقد يهاجم الجهاز المناعي، صمامات القلب، كما في حالات الحمى الرثوية أو يهاجم الجلد ويسبب احمراراً بالوجه، في شكل جناحي فراشة على الخدين، كما في حالات الذئبة الحمراء ويهاجم الجهاز المناعي أحياناً المفاصل مسبباً الداء الرثياني وقد يهاجم جهاز المناعة أكثر من عضو بالجسم، مثل الجلد، والقلب، والكبد، والكلى، والطحال، كما في مرض الذئبة الحمراء الجهازية

علاج أمراض المناعة الذاتية هو عادةً كبت المناعة بواسطة الأدوية التي تقلل من الاستجابة المناعية.

تم التعرف على العديد من أمراض المناعة الذاتية، و لفهم الفسيولوجيا المرضية المسببة لهذه الأمراض تم استخدام تقنيات المسح الإرتباطي على طول الجينوم، مما مكن العلماء من إيجاد نسبة كبيرة جداً من التشارك الجيني بين أمراض المناعة الذاتية.
هناك أقلية كبيرة من السكان يعانون من هذه الأمراض التي غالباً ما تكون مزمنة، منهكة و مهددة للحياة. هناك أكثر من ثمانين مرض ناجم عن المناعة الذاتية. تشير التقديرات إلى أن أمراض المناعة الذاتية هي من أبرز عشرة أسباب للوفاة بين الناس في جميع الأعمار حتى 65 سنة.