تروي كتب الحديث والسيرة وقوع معجزة نبوع الماء من بين أصابع النبي محمد ولم تكن لأحد قبله، والتي قد تكررت في عدة مواطن، حتى عدّ فقهاء المسلمين أن ذلك الماء أشرف أنواع المياه. يروي أنس بن مالك أحد تلك الحوادث قائلاً «رأيت رسول الله ﷺ وحانت صلاة العصر، فالتمس الوضوء فلم يجدوه، فأتي رسول الله ﷺ بوضوء، فوضع رسول الله ﷺ يده في ذلك الإناء، فأمر الناس أن يتوضؤوا منه، فرأيت الماء ينبع من تحت أصابعه، فتوضأ الناس حتى توضؤوا من عند آخرهم».
حديثه مع الحيوانات والجمادات

من ذلك سماح صوت تسبيح الحصى في كفه، وتكليم الذراع من الشاة التي سُمَّت بأنها مسمومة،وتسليم الشجر والحجر عليه قبل أن يُبعث،ومشي الشجر له، إذ يروي عمر بن الخطاب فيقول «أَمَر النبي ﷺ فنادى شجرة من قِبل عَقبة أهل المدينة، فأقبلت تخدّ الأرض (تمشي مسرعة) حتى انتهت إليه فسلّمت عليه، ثم أمرها فرجعت إلى موضعها». ومنها حنين الجذع الذي كان يخطب عليه حين اتخذ المنبر، فاحتضنه وكلّمه، وقال «لو لم أحتضنه لحنّ إلى يوم القيامة». أما معجزاته مع الحيوانات، فمن ذلك قصة البعير الذي اشتكا لمحمد كثرة العمل وقلة العلف، والجمل الذي بكى حين رأى محمدًا وشكا إليه أن صاحبه يجيعه، وجمل آخر يُقبِل على محمد ويخرّ ساجدًا بين يديه بعد أن استصعب على صاحبه.
إبراءه المرضى وذوي العاهات

من ذلك ما رُوي يوم أحد من ردّه عين الصحابي قتادة بن النعمان إلى مكانها بعد أن سالت حدقته على وجنته حتى عادت إلى حالها فكانت أحسن عينيه، ونفثه في عين علي بن ابي طالب وقت غزوة خيبر عندما كان أرمد لا يكاد يبصر. وخبر عثمان بن حنيف أنّ رجلاً ضريرًا جاء محمدًا يريد كشف بصره، فعلّمه أن يقول «اللهم إني أسألك وأتوجه إليك بنبيك محمد نبي الرحمة، يا محمد إني أتوجه بك إلى ربي في حاجتي هذه فتقضيها لي، اللهم شفعه في وشفعني في نفسي»، فأصبح ذلك الرجل بصيرًا